目前，跖疣在皮肤科最常用的治疗方法是冷冻，通过液氮零下196度的超低温作用于跖疣处皮损，使疣体凝固、变性、坏死从而达到治疗的目的。
其次是激光疗法，使用激光、电灼、电离子等设备对疣体进行烧灼、气化。
第三种治疗方法是疣体局部封闭，即使用干拢素、白介素一2等免疫增强剂注射在疣体内，使疣体处免疫机能发生变化致使疣体变性脱落。
第四种方法是使用化疗药物如氮芥、氟脲密啶等杀灭或抑制HpV病毒，常有较大的副作用。
第五种方法是用中药中的鬼舀毒素、鸦胆子等毒性药物治疗。
还有第六种方法是使用温和的无毒无刺激的中草药治疗，通过抑制病毒复制，原有病毒逐渐死亡的原理来达到治疗跖疣的目的。
