自然流产是妊娠常见并发症，多数为早期自然流产。染色体异常是其主要原因，占50％以上。与自然妊娠相比，试管婴儿是否增加自然流产率，多数研究结果均显示试管婴儿并未增加自然流产的发生率。
试管婴儿治疗后发生早期自然流产的危险因素还不是十分明确，导致自然流产的原因有很多，包括胚胎因素、年龄、疾病、子宫粘连、感染、免疫、心理和生理因素等。这些因素中，胚胎染色体异常被认为与试管婴儿妊娠自然流产最为密切。
多数研究发现，试管婴儿流产的妇女不同年龄、不孕类型、不孕原因、周期类型之间的染色体异常率相似，而常规一代试管流产的染色体异常率低于二代试管。单纯女方因素导致自然流产患者中的胚胎染色体异常率略低于合并男方少弱精子症者，对于试管婴儿治疗后多次着床失败、反复流产患者，可以选择进一步的治疗计划，通过植入前遗传学筛查（PGS）选择正常的胚胎植入，减少流产带来的身心痛苦，减低焦虑和担心，也可以避免染色体异常孩子的出生对家庭、社会造成的不利影响。
